قامت الحكومة المصرية بتأسيس المركز الإقليمى ضمن واحدة من أبرز المعاهد الأكاديمية والبحثية في المنطقة، جامعة القاهرة. في البداية تم استضافة المركز الإقليمى داخل مركز جامعة القاهرة للحد من المخاطر البيئية ، لتوافر مختبرات جيوفيزيائية وكيميائية كبيرة وخبرة وطنية وإقليمية واسعة في القضايا البيئية. في عام 2013، تم فصل المركز الإقليمى عن مركز جامعة القاهرة للحد من المخاطر البيئية ، وقامت جامعة القاهرة بتخصيص مقر جديد للمركز الإقليمى داخل المدينة الجامعية.